Quer a cirurgia seja ou não utilizada para tratar a tuberculose espinal, a medicação para a tuberculose é um tratamento pré-operatório e pós-operatório necessário. Isoniazida, rifampicina, pirazinamida e etambutol são os quatro medicamentos mais utilizados para tratamento. A isoniazida e a rifampicina são agentes bactericidas completos, a pirazinamida é um agente semi-bactericida e o etambutol é um agente bacteriostático. É normalmente mais seguro tomar estes quatro medicamentos anti-tuberculose oralmente mais levofloxacina durante 2 semanas antes da cirurgia. Após a cirurgia, a medicação anti-tuberculose oral é necessária por um período até 18 meses. Durante este período, as funções hepáticas e renais precisam de ser revistas mensalmente e se a função hepática for prejudicada, é necessária uma terapia de protecção hepática e os medicamentos anti-tuberculose precisam de ser mudados, se necessário. O álcool é estritamente proibido durante este período para evitar danos hepáticos. Estão disponíveis cursos curtos de tratamento contra a tuberculose, mas são propensos a recair e induzir a resistência aos medicamentos, pelo que não são muitos os médicos que utilizam cursos curtos de tratamento anti-tuberculose. Mais médicos estão a utilizar o longo curso do tratamento anti-tuberculose para garantir a eficácia. Nos últimos 10 anos, cerca de 100 – 140 casos de tuberculose espinal foram tratados anualmente com um longo curso de tratamento, sem casos de resistência à tuberculose e com 99% dos doentes a serem curados. A maioria dos casos de recaída está relacionada com pacientes que não tomam regularmente os seus medicamentos para a tuberculose após a cirurgia, com a curta duração do tratamento; ou com a remoção incompleta da lesão durante a cirurgia.