Existem duas questões importantes relativamente à vacinação de crianças com DK: em primeiro lugar, a IVIG bloqueia a replicação de vacinas virais vivas e o estabelecimento de imunidade adquirida, pelo que a vacinação deve ser adiada até, pelo menos, 3 meses após a aplicação da IVIG; e, em segundo lugar, existe a questão da segurança das vacinas vivas ou outras vacinas em crianças em recuperação da DK. Algumas doenças auto-imunes, incluindo a vasculite sistémica, podem deteriorar-se subitamente após a administração de vacinas vivas ou mortas, pelo que todas as vacinas devem ser adiadas pelo menos 3 meses após a DK. A AHA recomenda que as vacinas contra vírus vivos não intestinais (sarampo, papeira e rubéola) sejam adiadas pelo menos 5 meses após a IVIG, porque os anticorpos da imunidade passiva podem interferir com a função imunológica das preparações imunológicas. No entanto, durante os surtos de sarampo, a vacina contra o sarampo deve ser utilizada precocemente e com precaução em crianças que não tenham sido previamente imunizadas com imunização passiva, devendo a vacina ser repetida numa data posterior. Outras vacinas não devem ser interrompidas durante a infância, e recomenda-se a vacinação contra a gripe para reduzir a incidência da síndrome de Reye em crianças com ASA prolongada.