O tratamento do rabdomiossarcoma requer uma combinação de tratamentos, incluindo cirurgia, radioterapia e quimioterapia. A cirurgia é geralmente a primeira escolha e é normalmente realizada por extensa excisão local, removendo o tumor e algum do tecido circundante, incluindo os gânglios linfáticos. Quanto menos tumor permanecer após a cirurgia, melhor será o prognóstico e menor a probabilidade de recidiva, o que normalmente ocorre dentro de 3 anos após o tratamento. Num estudo clínico realizado pelo Grupo Americano de Estudo do Rabdomiossarcoma, a taxa de sobrevivência de 5 anos dos pacientes operados com remoção completa do tumor poderia exceder 90%. A taxa de sobrevivência de 5 anos para pacientes com remoção completa do tumor visível a olho nu na cirurgia, mas com resíduos microscópicos, é de aproximadamente 80%. Os pacientes com tumor residual visível a olho nu após a cirurgia mas sem metástases têm uma taxa de sobrevivência de 5 anos de aproximadamente 70%. Para rabdomiossarcoma em locais anatómicos específicos, tais como o rabdomiossarcoma de cabeça e pescoço, onde a ressecção cirúrgica completa é menos provável ou onde a cirurgia provoca um grave comprometimento da função dos órgãos, a radioterapia é normalmente administrada para reduzir o volume antes da cirurgia secundária ser realizada. No entanto, o risco de cirurgia secundária residual é ainda elevado, pelo que existe um risco de recidiva após cirurgia para rabdomiossarcoma maligno, não que não recidiva após cirurgia.