A maioria dos rabdomiossarcomas embrionários são muito sensíveis à radioterapia e podem ser tratados no prazo de 1 semana após a cirurgia para aqueles que já tenham sido operados para remover o tumor. Para crianças com invasão significativa da base do crânio que necessitam de radioterapia urgente, a radioterapia pode ser administrada antes da quimioterapia. Se o tumor for demasiado grande para ser operado, recomenda-se a radioterapia. A radioterapia de partículas pode ser considerada se o tumor primário estiver localizado num órgão vital que não possa ser removido cirurgicamente. O rabdomiossarcoma embrionário requer uma combinação de opções de tratamento tais como cirurgia, radioterapia e quimioterapia. A radioterapia é uma parte muito importante do tratamento, incluindo a radioterapia externa e a implantação de partículas. As directrizes actuais recomendam que o rabdomiossarcoma embrionário de fase I deve ser tratado sem radioterapia, enquanto que o rabdomiossarcoma embrionário de fase II-IV deve ser tratado com radioterapia. O rabdomiossarcoma adenoideano tem recorrência local, pelo que a radioterapia é necessária para todas as fases I-IV.