Embora a endoscopia em cápsula seja indolor e não invasiva, não requer anestesia e elimina essencialmente a dor associada à gastroscopia tradicional, as suas limitações são ainda demasiado grandes para substituir a gastroscopia no diagnóstico e tratamento do cancro gástrico e de outras doenças gastrointestinais.
Em comparação com a endoscopia por gastroscopia, a endoscopia em cápsulas, tal como actualmente aplicada, tem ainda vários inconvenientes.
- Manobrabilidade de manobra. É difícil para o médico manipular confortavelmente o movimento do endoscópio da cápsula para visualizar uma área específica.
- A presença de grandes quantidades de muco ou hemorragia localizada no estômago não pode ser removida por equipamento de sucção, resultando num campo de exame pouco claro.
- Embora possam ser tiradas imagens claras do interior do aparelho digestivo, a localização exacta não pode ser clarificada e a localização é muitas vezes menos fiável apenas pelo tempo de funcionamento.
- A incapacidade de colher amostras de tecido para exame patológico é uma falha crítica para o diagnóstico.
- O custo do exame é elevado. Actualmente, os endoscópios em cápsulas importados custam entre $8.000 e $10.000, enquanto que os endoscópios em cápsulas nacionais custam um pouco menos para um único exame, mas ainda são cerca de $5.000, muito mais do que as poucas centenas de dólares para uma gastroscopia convencional.