A cirurgia do craniofaringioma é relativamente arriscada. Como o tumor está muitas vezes intimamente associado ao talo pituitário e ao tálamo óptico inferior, estas duas estruturas, especialmente o tálamo óptico inferior, são particularmente sensíveis a manipulações como o puxar durante a cirurgia, o que frequentemente leva a reacções pós-operatórias graves. Existem actualmente duas perspectivas sobre o tratamento cirúrgico do craniofaringioma. Um defende a ressecção completa, mesmo à custa de doenças da hipófise, enquanto o outro defende a ressecção maior ou subtotal, desde que seja segura. O autor prefere estas últimas, visto que as opções de tratamento actuais para tumores cerebrais são muito mais ricas do que eram há 10-20 anos atrás, e há mais opções para tratar tumores residuais. Um paciente com craniofaringioma supra-selar tinha um grande tumor, que foi ressecado cirurgicamente pelo autor há um ano atrás, e cerca de 80% do mesmo foi removido. O tumor residual foi tratado com uma faca de radiofrequência 2 meses após a operação e foi revisto seis meses mais tarde. O autor não enfatiza que todos os craniofaringiomas não são tratados por ressecção total. Só que há mais opções de tratamento disponíveis, e é possível controlar o crescimento do tumor através da combinação de múltiplas opções de tratamento, em vez de se arriscar a uma excisão total.