Para a cirurgia do craniofaringioma, o tratamento preferido é a ressecção total do tumor, se o doente estiver geralmente em boas condições. Se o tumor estiver intimamente aderente à artéria carótida interna, ao nervo ótico e a outros tecidos circundantes, ou se o tumor estiver a infiltrar-se no hipotálamo, mesmo que seja mal removido, o resultado pode não ser satisfatório. Existem várias abordagens cirúrgicas, como a abordagem frontal inferior, a abordagem do ponto pterigoide, a abordagem da placa terminal, a abordagem da abóbada intercalar ou a abordagem ventricular lateral através do córtex, a abordagem do seio pterigoide, a abordagem combinada, etc. A radioterapia é considerada um complemento eficaz da ressecção subtotal do tumor primário e do tratamento de tumores recorrentes. Devido à natureza benigna do craniofaringioma e aos efeitos secundários inerentes à radioterapia, a maioria dos médicos não recomenda a radioterapia de rotina para os doentes com ressecção total do tumor. No entanto, no caso de tumores residuais cirúrgicos, a radioterapia pode ser considerada. A dose da radioterapia externa convencional não é fácil de gerir e é difícil controlar a recorrência, evitando ou reduzindo os danos cerebrais causados pela radioterapia. Se a dose de radioterapia exceder 55 Gy, não só não há uma melhoria significativa na inibição da recorrência do tumor, como também aumenta a possibilidade de reacções tóxicas retardadas. A literatura refere que 32-33% das crianças tratadas com radioterapia têm de ser sujeitas a educação especial devido a uma diminuição da capacidade de aprendizagem. Outras complicações da radioterapia incluem a formação de tumores induzidos pela radiação (por exemplo, glioblastoma, sarcoma, meningioma), necrose cerebral por radiação, oclusão vascular por radiação, inflamação vascular por radiação, neurite ótica, demência, calcificação dos gânglios sub-basais, disfunção talâmico-pituitária e obesidade hipotalâmica.