A forma patológica do craniofaringioma é o crescimento expansivo esférico, irregular ou nodular, com limites claros e diferenças óbvias de escopo e tamanho, principalmente cístico multilocular ou parcialmente cístico, e alguns deles são substanciais, contendo apenas algumas pequenas cavidades císticas. Cística principalmente localizada na sela, a parte cística é muitas vezes no parênquima da parte superior, a superfície da parede do cisto é lisa, a espessura varia, fina, como translúcida, há um número de pontos calcificados branco-acinzentados ou marrom-amarelados ou manchas calcificadas, e pode ser ossificado casca de ovo-like, o conteúdo da cápsula para a degradação e liquefação de detritos de células epiteliais (material semelhante a queratina), o fluido da cápsula é líquido oleoso ou dourado, contendo cristais de colesterol, geralmente 10-30ml, mais até 100ml. O fluido cístico é oleoso ou amarelo-dourado, contendo cristais internos de colesterol, geralmente 10-30 ml e mais de 100 ml. O parênquima do craniofaringioma está frequentemente localizado na parte posterior e inferior do crânio, que é nodular e contém focos calcificados, por vezes densos e duros, e é muitas vezes fortemente aderente a importantes vasos sanguíneos intracranianos, hastes hipofisárias, vias ópticas e a parte anterior do terceiro ventrículo, etc., e comprime as estruturas acima mencionadas. O tumor também pode provocar a formação de bandas de reação glial no tecido cerebral, formando um pseudo-envelope que, por vezes, se projecta para o subtálamo sob a forma de uma papila, causando lesões no subtálamo quando o tumor é removido cirurgicamente. Os tumores parenquimatosos estão normalmente localizados na sela ou no terceiro ventrículo e são mais pequenos do que os tumores quísticos. A histologia dos craniofaringiomas divide-se em dois tipos: esmalte-epitelial e escamoso-epitelial. O primeiro tem uma estrutura de três camadas, com uma camada mais externa de epiderme cuboidal cilíndrica, uma camada intermédia de células epidermoides escamosas poligonais complexas e uma camada mais interna de astrócitos. Esta última é composta por células epiteliais escamosas bem diferenciadas e é, na sua maioria, um tumor substancial. Na população pediátrica, é quase exclusivamente do tipo esmalte-epitelial, enquanto na população adulta cada tipo representa metade dos casos.