Não é claro e pode estar relacionado com três factores: infecção, genética e imunidade. A estimulação mental, factores alimentares e hábitos pouco higiénicos podem desencadear exacerbações. Não há tratamento específico disponível e a doença não pode ser curada radicalmente com medicamentos ou cirurgia, mas é geralmente tratada com terapia de apoio e sintomática. A doença foi descrita pela primeira vez por Crohn et al. em 1932 e foi, portanto, denominada doença de Crohn (anteriormente conhecida como doença de Crohn) pela Organização Mundial de Saúde. No passado, era conhecida como “enterite restrita” e “enterite granulomatosa”. A doença é mais comum nos jovens e as lesões podem ocorrer em qualquer parte do tracto digestivo (da boca ao ânus), mas são mais comuns no íleo terminal e no hemicolectum direito. A causa da doença de Crohn ainda não é conhecida, e pensava-se anteriormente que os factores causais incluíam factores infecciosos, genéticos e imunológicos. Alguns estudiosos acreditam agora que a doença inflamatória intestinal ocorre devido a bactérias endógenas. As lesões podem envolver todas as partes do tracto digestivo desde a boca até ao ânus, mas na maioria das vezes o íleo e o cólon. Podem também ocorrer lesões metástáticas da pele, manifestando-se perto do períneo, virilha e fístulas intestinais pós-cirúrgicas, principalmente como úlceras de pele, com inflamação granulomatosa visível na biópsia da pele, e outras lesões cutâneas como pioderma gangrenoso, eritema nodoso, eczema somático, e úlceras genitais orais e externas.