Nos últimos anos, com melhorias graduais no diagnóstico e tratamento, o prognóstico do LES melhorou significativamente, com a sobrevivência dos pacientes a melhorar de uma taxa de sobrevivência de quatro anos de 50% nos anos 50 para uma taxa de sobrevivência de 15 anos actualmente de 80%, e uma taxa de sobrevivência de 10 anos superior a 90%.
Embora a sobrevivência a longo prazo seja alcançada em muitos doentes, o LES pode afectar a esperança de vida dos doentes em diferentes graus, uma vez que o LES pode causar danos graves a múltiplos órgãos, particularmente ao sistema nervoso, rins, causando hipertensão pulmonar e aterosclerose.