As doentes com LES têm uma fertilidade normal, mas as doentes com LES (especialmente aquelas com anticorpos anti-ACL positivos) são propensas ao aborto, parto prematuro, nado-morto, e displasia fetal intra-uterina após a gravidez, e a incidência de gravidezes anormais é maior nas doentes com LES activas. Há um consenso de que aproximadamente 50% dos pacientes com LES irão sofrer uma exacerbação da sua doença após a gravidez, e a deterioração é ainda mais pronunciada naqueles com doença primária activa, e que mesmo em gravidezes estáveis, 10%-30% dos pacientes irão sofrer uma exacerbação da sua doença durante a gravidez ou após o parto. O efeito da gravidez sobre o LES pode estar relacionado com o aumento dos níveis de estrogénio no corpo da paciente durante a gravidez. Por conseguinte, advoga-se actualmente que os doentes com LES activo não devem engravidar, e que a gravidez pode ser considerada em doentes que tenham sido tratados durante mais de um ano e estejam a tomar comprimidos de prednisona oral a 15mg|d ou menos.