Tanto os testes não invasivos como a amniocentese são métodos de rastreio pré-natal, mas a amniocentese pode ser utilizada para o diagnóstico pré-natal de doenças genéticas fetais e é mais precisa do que os testes não invasivos. Para mulheres grávidas em maior risco de desenvolver trissomia do cromossoma 21, os médicos podem recomendar a amniocentese para testes de ADN fetal para diagnóstico pré-natal. Em primeiro lugar, os testes não-invasivos são mais fáceis e seguros, mas menos precisos do que a amniocentese. Para rastreio pré-natal de rotina e entre 12-22+6 semanas de gestação, o rastreio do ADN fetal para risco de trissomia do cromossoma 21, 18 e 13 usando sangue periférico retirado da mãe é um método mais simples e mais preciso. Contudo, os testes não invasivos são apenas utilizados como teste de rastreio pré-natal e não podem ser usados como base para o diagnóstico, porque a exactidão dos testes não invasivos é afectada por gravidezes gémeas, quimerismo placentário e tumores maternos, e não é possível alcançar uma taxa de exactidão de 100% para testes não invasivos. Em segundo lugar, as mulheres grávidas que apresentem um teste positivo para doenças genéticas num teste não-invasivo terão ainda de ter uma amniocentese para confirmar o diagnóstico. A amniocentese é uma perfuração guiada por ultra-sons da cavidade amniótica na qual o líquido amniótico é extraído para obter as células ou ADN do feto e para o examinar geneticamente. É normalmente indicada para mulheres grávidas após 16 semanas de gravidez, mas pode haver risco de infecção intra-uterina ou contacto sanguíneo entre a mãe e o bebé, ou aborto espontâneo. Por conseguinte, o médico escolherá o teste adequado de acordo com a idade, semana gestacional, condição física e risco genético da mulher grávida e recomenda seguir os conselhos médicos.