A amniocentese é geralmente realizada por volta das 18-24 semanas de gestação. Isto é quando o feto é relativamente pequeno e o líquido amniótico é relativamente abundante, permitindo que o feto flutue no líquido amniótico, tornando menos provável que o feto seja perfurado quando a agulha é utilizada para o extrair. Além disso, como o líquido amniótico é mais abundante, a extracção de 20 ml de líquido amniótico para teste não fará com que a cavidade uterina se torne subitamente mais pequena e afectará o desenvolvimento do feto. Se a amniocentese for feita no início da gravidez, o líquido amniótico fetal é limitado e se outros 20 ml de líquido amniótico forem tomados neste momento terá um maior impacto no feto e a taxa de sucesso do teste será baixa devido ao pequeno número de células derramadas pelo feto no início da gravidez. No entanto, no final da gravidez, as células epidérmicas do feto irão queratinizar-se e a taxa de sucesso da extracção destas células queratinizadas para cultura será menor, e como o feto já é grande neste momento, será mais prejudicial para a mãe se forem detectadas anomalias e o parto for induzido. Portanto, o melhor momento para realizar a amniocentese é por volta das 18-24 semanas de gravidez. Nem todas as mulheres grávidas necessitam de amniocentese devido ao risco de infecção. A amniocentese é principalmente indicada em casos de idade materna avançada ≥35 anos para mulheres grávidas e ≥45 anos para os seus entes queridos, em casais com anomalias cromossómicas, naqueles que deram à luz um feto com anomalias cromossómicas, naqueles com um historial familiar de anomalias cromossómicas, naqueles com translucência nucal anormal, e naqueles com exames ultra-sónicos anormais.