A melhor altura para efetuar a amniocentese é entre as 16 e as 20 semanas de gravidez. O líquido amniótico é formado principalmente pela urina do feto. Antes das 16 semanas de gravidez, a função vesical do feto não está bem desenvolvida e a quantidade de líquido amniótico é relativamente pequena. Após as 20 semanas de gestação, o feto desenvolve-se mais rapidamente, o feto é relativamente grande e o espaço para a punção é relativamente limitado. A última amniocentese não deve exceder 24 semanas de gestação, porque o número de células no líquido amniótico após 24 semanas de gestação é relativamente baixo, e após a amniocentese ser realizada, leva mais tempo para ser cultivada, e se a semana gestacional da punção for relativamente grande, interferirá com o próximo passo do diagnóstico pré-natal. As células extraídas do líquido amniótico demoram cerca de 2 a 3 semanas a ser cultivadas, e há alguns casos em que a cultura de células pode falhar, exigindo uma segunda punção, se necessário. Se não for atingido o momento ideal para a amniocentese, pode ser efectuada uma punção do sangue do cordão umbilical mais tarde na gravidez para o diagnóstico pré-natal.