A amniocentese é efectuada entre as 16 e as 24 semanas de gravidez e comporta certos riscos. A grávida pode passar o período de risco cerca de 1 semana após a amniocentese. Complicações como dificuldade respiratória do feto, rutura das membranas, infeção intra-uterina, contracções uterinas, descolamento da placenta, embolia do líquido amniótico, etc., têm geralmente maior probabilidade de ocorrer 24 horas após a amniocentese. A amniocentese é invasiva e o olho da agulha demora cerca de uma semana a recuperar. Se a mãe não tratar da infeção e não repousar após a punção, isso também pode provocar uma infeção ou outras consequências adversas para a gravidez. É importante seguir os conselhos do seu obstetra após a punção e monitorizar a dor abdominal, a hemorragia vaginal, a febre e as cólicas abdominais regulares. Além disso, é importante assegurar um repouso adequado após a punção, evitar esforços excessivos, proibir a atividade física e as relações sexuais, evitar alterações de humor e visitar o obstetra 2 a 3 dias após a punção para verificar o estado do feto.