A apresentação clínica e as alterações patológicas da doença de Crohn são muito semelhantes às da tuberculose intestinal, o que frequentemente leva a diagnósticos errados, mesmo com biopsia, e devem ser levadas à atenção dos clínicos. As principais diferenças entre as duas doenças são: (1) os pacientes com tuberculose intestinal são frequentemente complicados pela tuberculose pulmonar; (2) obstrução intestinal incompleta, fístulas intestinais e abcessos de órgãos são mais comuns na doença de Crohn do que na tuberculose intestinal; (3) a doença de Crohn tem um longo curso e o tratamento anti-tuberculose é ineficaz; (4) tanto a tuberculose intestinal como a doença de Crohn são mais comuns na região ileocecal, mas o encurtamento da região ileocecal é mais comum na tuberculose intestinal na radiografia e menos na doença de Crohn. O exame endoscópico da tuberculose intestinal mostra sobretudo úlceras circulares, enquanto que a doença de Crohn mostra sobretudo úlceras longitudinais; ⑤ a biopsia do tecido da tuberculose intestinal mostra granulomas caseosos necróticos ou bacilos de tuberculose, enquanto que a doença de Crohn mostra alterações granulomatosas sem necrose caseosa e bacilos de tuberculose.