A dispepsia funcional não costuma causar fezes negras. As fezes negras indicam geralmente a presença de hemorragia gastrointestinal, geralmente causada por doenças orgânicas do tracto gastrointestinal, doenças benignas incluindo úlcera duodenal, úlcera gástrica e gastrite, e doenças malignas incluindo cancro gástrico e cancro colorrectal. Se o paciente tiver >40 anos de idade e for acompanhado por desperdício, anemia ou tiver um historial familiar de tumores gastrointestinais, a possibilidade de doenças orgânicas do tracto gastrointestinal deve ser notada e recomenda-se um tratamento médico rápido.