Os probióticos para a dispepsia funcional são eficazes para alguns pacientes. Os probióticos contêm uma variedade de probióticos intestinais, tais como Bifidobacterium ou Lactobacillus acidophilus, que podem complementar a flora fisiológica intestinal, restabelecer o equilíbrio microecológico intestinal e reduzir a reprodução de bactérias patogénicas. Para alguns pacientes, pode melhorar os sintomas de desconforto pós-prandial, tais como distensão abdominal, dores de estômago, falta de apetite e má digestão. É mais eficaz quando usado em combinação com outros medicamentos gastrodinâmicos e enzimas digestivas.