A dispepsia funcional em bebés caracteriza-se normalmente por falta de apetite, redução do consumo alimentar, vómitos, náuseas, vómitos e distensão abdominal. Como os bebés estão a crescer e a desenvolver-se, a indigestão prolongada e o mau estado nutricional podem também levar a indicadores de desenvolvimento tais como altura e peso que não atingem os padrões normais, bebés magros e sono inquieto.