O período de sobrevivência da atresia biliar congénita é determinado pela condição física da criança, a presença de complicações e o método de tratamento. Se a criança desenvolveu hemorragia gastrointestinal, encefalopatia hepática e falência de órgãos antes do tratamento, a morte é sempre uma possibilidade e a sobrevivência não é normalmente superior a 2 anos. Contudo, se a detecção precoce, o tratamento precoce e o transplante hepático atempado forem alcançados, as indicações clínicas são que a sobrevivência excede 90% a 1 ano e 80%-85% a 2 anos; com um bom prognóstico e sem rejeição hepática significativa numa fase posterior, as crianças sobrevivem geralmente durante 10-30 anos, mesmo até à sobrevivência a longo prazo. Os sintomas iniciais da atresia biliar congénita são principalmente icterícia, fezes de barro branco e urina forte como o chá, pelo que os pais devem levar os seus filhos ao pediatra para um exame ultra-sonográfico assim que notarem qualquer anomalia.