No caso típico da atresia biliar, o bebé nasce a termo e a maioria não apresenta anomalias, as fezes são de cor normal e a icterícia torna-se geralmente aparente gradualmente 2-3 semanas após o nascimento, em alguns casos aparece nos primeiros dias após o nascimento quando é mal diagnosticada como icterícia fisiológica. As fezes tornam-se amarelo-acastanhadas, amarelo-amarelo-pálido bege e mais tarde tornam-se uma cor branca-acinzentada sem argila. Ocasionalmente, no entanto, pode aparecer uma ligeira cor amarelada nas fases mais avançadas da doença. A cor mais escura da urina mancha o amarelo das fraldas. A icterícia geralmente não diminui e aprofunda, a pele torna-se amarela dourada ou mesmo castanha e pode ter comichão com marcas de arranhões. Em alguns casos, podem ocorrer dedos de pilão ou cianose. O fígado é aumentado e o baço é duro e raramente sentido nas fases iniciais. Se um baço aumentado for sentido nas primeiras semanas, pode ser uma causa intra-hepática de hipertensão portal à medida que a doença progride. Nas fases iniciais da doença, a criança está em bom estado geral, mas existem vários graus de malnutrição, e a mãe descreve frequentemente a criança como parecendo excitada e inquieta quando tem menos peso e comprimento. Mais tarde, no decurso da doença, podem ocorrer várias carências de vitaminas lipossolúveis, e a deficiência de vitamina D pode estar associada a cordões de raquitismo e amplas epífises. Devido ao estado hemodinâmico alterado, algum curto-circuito arteriovenoso e resistência vascular periférica reduzida, um sopro cardíaco de alto volume pode ser ouvido na região precordial e nos campos pulmonares.