Existem riscos associados a qualquer cirurgia, e o tratamento cirúrgico da tetralogia de Fallot comporta os mesmos riscos de anestesia, circulação extracorpórea e complicações associadas à cirurgia que qualquer outro procedimento. Contudo, a técnica cirúrgica está agora bem estabelecida e a taxa de mortalidade para crianças com tetralogia pura de Fallot é de cerca de 2% a 3%. As crianças com menos de 3 meses ou mais de 4 anos e as crianças com hipoplasia da artéria pulmonar correm um risco elevado de serem operadas. Globalmente, contudo, a cirurgia é o tratamento mais importante para a tetralogia de Fallot, e os benefícios superam de longe os riscos se a criança for elegível para cirurgia.