A diferenciação clínica mais difícil entre a doença de Crohn e a tuberculose intestinal é a da tuberculose ileal. O local mais comum para o desenvolvimento da doença de Crohn é a região ileocecal e o intestino delgado. Embora todo o intestino possa ser afectado, a região ileocecal e o intestino delgado são os locais mais comuns para o desenvolvimento da doença de Crohn. No entanto, esta é também a área onde a tuberculose intestinal tem maior probabilidade de ocorrer.1 É também na região ileocecal e no intestino delgado, onde o tecido linfóide é abundante, que a tuberculose tem maior probabilidade de ocorrer. Este é o momento para a distinguir da tuberculose intestinal. A tuberculose intestinal tem geralmente um historial de tuberculose, ou há tuberculose na família, ou há lesões nos pulmões. A patologia da tuberculose intestinal é geralmente positiva para Mycobacterium tuberculosis e a patologia parece ser granulomas caseosos, enquanto que a doença de Crohn intestinal é granulomas não caseosos. Pode distinguir-se da doença de Crohn por estes pontos.2 Pode também distinguir-se da leucoencefalopatia, que é na realidade uma lesão da vasculatura intestinal e pode também aparecer como uma úlcera na região ileocecal. Para além de úlceras no tracto intestinal, podem ocorrer úlceras recorrentes na cavidade oral e mesmo úlceras anais, que são também indicações para diferenciação.3. O linfoma do intestino também deve ser diferenciado da doença de Crohn.4. As doenças infecciosas do tracto intestinal, tais como esquistossomose ou amebíase, enteropatia isquémica, ou doenças infecciosas do intestino, tais como infecções fúngicas ou virais, também devem ser diferenciadas.