A duração do tratamento da embolia pulmonar é de pelo menos 3 meses de terapia de anticoagulação. Após a selecção dos anticoagulantes, o paciente irá escolher diferentes anticoagulantes e o processo irá monitorizar a coagulação do paciente ou novos anticoagulantes não são necessários para a monitorização, mas o tratamento global será de pelo menos 3 meses. 3 meses mais tarde, o paciente será avaliado e se os factores de alto risco tiverem sido removidos e a embolia pulmonar tiver melhorado, a terapia de anticoagulação pode ser terminada. Se os factores de alto risco persistentes do paciente não puderem ser removidos, a duração da terapia de anticoagulação para embolia pulmonar também será prolongada, e a duração variará muito de paciente para paciente, numa base individual. Para casos especiais, como a embolia pulmonar combinada com embolia venosa de extremidades inferiores, tais pacientes optarão por filtros venosos de extremidades inferiores, alguns dos quais podem ser removidos e outros são implantados por um longo período de tempo. Tais pacientes necessitarão de anticoagulação vitalícia, ou terão tempos de anticoagulação mais longos em pacientes com tumores. No entanto, para pacientes sem factores de risco mas com embolia pulmonar independente, a maioria deles são curados em cerca de 3 meses.