A duração da terapia de anticoagulação para pacientes com embolia pulmonar varia de pessoa para pessoa. Para embolia pulmonar causada por cirurgia, trauma e outros factores, o tratamento é necessário durante 3-6 meses; para pacientes com fonte desconhecida de embolia, o tratamento é necessário durante mais de 6 meses; para pacientes com recorrência, ou doença cardíaca pulmonar combinada e factores de risco a longo prazo, tais como cancro, embolia fácil ou filtro de veia cava inferior implantado, a duração do tratamento é de pelo menos 12 meses, ou mesmo a terapia de anticoagulação necessária para toda a vida. A decisão de quando parar a terapia de anticoagulação deve ser tomada pelo médico com base na situação específica do paciente e nos resultados do exame. Finalmente, é importante lembrar aos profissionais médicos que a educação sanitária é particularmente importante para os pacientes que tomam anticoagulação com varfarina, cuja adesão afecta directamente o seu prognóstico.