A melhor forma de se fazer uma cirurgia para hidronefrose pediátrica é determinada pela gravidade da própria condição. Acredita-se actualmente que a decisão de fazer uma cirurgia é tomada de três maneiras principais: Em primeiro lugar, se a função renal da criança for inferior a 40% precisa de ser operada imediatamente, se a cirurgia não for feita em breve, a função renal pode deteriorar-se ainda mais ou mesmo desenvolver uremia. Em segundo lugar, se a criança tiver provas anatómicas claras, ou seja, resultados clínicos claros de obstrução da pélvis renal e do ureter através de ultra-sons, TAC e outros exames relevantes, então deve ser realizada uma cirurgia precoce. Se a criança tiver sintomas como vómitos, dores abdominais e hematúria, a cirurgia também pode ser considerada.