A maioria dos pacientes tem um prognóstico satisfatório após um curto período de recuperação e são capazes de se alimentar normalmente, a sua distensão abdominal desaparece e são capazes de defecar por si próprios, ganhar peso e crescer ao nível de crianças normais da mesma idade. Alguns pacientes podem sofrer de anastomose pós-operatória na linha dentária, prolapso da mucosa rectal, enterocolite intermitente e recorrente, distúrbios de defecação e outras complicações graves como hemorragia abdominopélvica pós-operatória, infecção intramiocárdica e torção intra-pélvica do intestino delgado. Alguns pacientes têm uma recuperação lenta da função intestinal após a cirurgia. É necessário pelo menos 1 mês para recuperar completamente de movimentos intestinais frequentes e soltos, e um número menor de pacientes não tem uma melhoria significativa dos sintomas após a cirurgia ou mesmo enterite recorrente combinada com distensão abdominal, o que requer tratamento sintomático e, se necessário, hospitalização. A dilatação pós-operatória dura geralmente cerca de um mês e o operador deve ter o cuidado de evitar perfurações durante a dilatação. Os pacientes com megacólon congénito têm uma elevada incidência de megacólon congénito, geralmente em idade jovem, e a operação é relativamente complexa e pode deixar mais problemas depois. Os pacientes são aconselhados a escolher um hospital especializado de um certo padrão técnico para a operação, a fim de evitar dificuldades de gestão tardias para os pais.