O principal tratamento para o forame oval patenteado congénito é a cirurgia. Existem duas opções cirúrgicas: a reparação tradicional do forame oval patenteado e o fecho minimamente invasivo. A cirurgia de reparação pode ser realizada quer anteriormente, dividindo o esterno anteriormente, quer lateralmente, abrindo o tórax entre as duas costelas. Existem também dois tipos de procedimentos de oclusão, um dos quais é realizado sob raio-x através de uma cânula de veia femoral. A outra é uma pequena incisão no peito guiada por ultra-som esofágico. O primeiro tipo é feito depois da cardiologia e o outro é feito em cirurgia cardíaca. Nem todos os casos de forame oval patenteado precisam de ser tratados. Se o diâmetro do forame oval patenteado for muito pequeno, não há efeito na estrutura cardíaca ou na pressão da artéria pulmonar, e o paciente não tem sintomas, pode não necessitar de tratamento. Por conseguinte, a necessidade de tratamento é determinada por uma visita a um cirurgião cardíaco ou cardiologista para determinar se a cirurgia é indicada e se o tratamento é necessário.