A amniocentese é um procedimento invasivo e todos os procedimentos invasivos implicam algum risco. No entanto, como o médico que realiza a amniocentese o faz com recurso a ultra-sons, este procedimento é geralmente mais seguro. A amniocentese é geralmente realizada sob a orientação de ultra-sons, com uma agulha fina perfurada na cavidade amniótica. Ao extrair o líquido amniótico da mulher grávida, obtêm-se células ou material genético do feto para diagnóstico genético, o que pode fornecer informações sobre o feto, como a sua saúde e desenvolvimento. Durante a operação de amniocentese, pode ocorrer hemorragia da grávida e saída de líquido amniótico, e podem ocorrer infecções intra-uterinas se a grávida tiver várias infecções, etc. antes da operação, ou se não se cuidar após a operação. Além disso, a operação pode também afetar o desenvolvimento normal do feto e provocar doenças como a pré-eclampsia. Recomenda-se que as mulheres grávidas que necessitem de se submeter a uma amniocentese consultem atempadamente um médico e, sob a orientação deste, efectuem os exames necessários e tomem as medidas preparatórias adequadas antes de se submeterem à operação.