Não há cura para a doença de Crohn (daqui em diante referida como CD). As perguntas sobre o prognóstico da doença preocupam-se, na realidade, principalmente com a forma como o doente se irá comportar em comparação com uma população livre da doença da mesma idade e sexo durante um período de tempo considerável no futuro. Existem diferenças significativas entre o curso da doença em cada doente com DC. Estudos estrangeiros descobriram que, num determinado ano de observação, aproximadamente 55% dos pacientes estão em remissão clínica, 15% estão em doença moderadamente activa e 30% sofrem de doença activa grave. As questões sobre o prognóstico da doença devem, portanto, ser obtidas a partir de uma verdadeira coorte populacional de doentes representativos de todos os tipos de doenças (vários níveis de actividade, extensão das lesões), e não através de uma população hospitalar ou de um caso de centro cirúrgico (que normalmente estão mais gravemente doentes e não reflectem a população total de doentes). Nas décadas de 1960 e 1970, Truelove e Pena completaram o primeiro estudo epidemiológico de doentes com doença inflamatória intestinal. Dividiram pacientes em “novos casos” (diagnosticados e tratados no mesmo hospital regional) e “casos seleccionados” (pacientes que escolheram ser tratados num hospital de nível superior). Os autores descobriram que os novos casos tinham uma taxa de sobrevivência mais elevada do que os casos seleccionados aos 10 anos. Estudos populacionais posteriores mostraram alguma variação, com resultados que vão desde a mortalidade não afectada até ao ligeiro aumento da mortalidade. Uma análise mais aprofundada revelou que o aumento da mortalidade observado estava relacionado com a extensão da lesão, a duração da doença, e a natureza feminina da DC. Para além de estarem relacionados com as características da própria DC, alguns pacientes morreram de outras doenças gastrointestinais, hepáticas e do tracto biliar, bem como de tumores pulmonares. Cerca de 30% de todas as mortes estão relacionadas com a própria doença de CD. As causas de morte neste grupo de pacientes estão divididas em duas categorias: as que ocorrem nas fases iniciais da doença e relacionadas com complicações clínicas ou cirúrgicas, e as que ocorrem nas fases tardias da doença principalmente devido a tumores intestinais. Até à data, é inconclusivo se a aplicação de agentes imunossupressores/biológicos pode alterar a taxa global de mortalidade e/ou a etiologia da morte em doentes com DC. Estes tratamentos podem reduzir a mortalidade pós-operatória reduzindo a taxa de cirurgia, mas devem ser ponderados contra o possível aumento do risco de morte devido aos efeitos adversos do tratamento.