Com menos frequência, os doentes com LES podem desenvolver complicações intra-oculares graves. Depósitos complexos imunes são vistos nos capilares coroidais, na membrana do porão do corpo ciliar, e na conjuntiva bulbar. A retinopatia desta doença pode ser devida a dois mecanismos distintos: embolia vascular causada por anticorpos antifosfolípidos, que podem ser tratados eficazmente com anticoagulantes, e vasculite imunomediada, que é tratada mais eficazmente com métodos imunossupressores. Esta doença pode afectar tanto pequenas artérias como pequenas veias. Esta doença embólica no LES é caracterizada por manchas semelhantes a algodão com ou sem hemorragia intra-ocular. Jabs e colegas relataram 11 pacientes com vasculite retiniana. A maioria dos pacientes (55%) teve maus resultados visuais (20/200 acuidade visual ou menos) e uma elevada incidência de doença do SNC (73%). Podem estar presentes lesões de bloqueio vascular como o bloqueio central da retina, e a neovascularização é frequentemente observada em casos de bloqueio extenso de pequenas artérias, bem como lesões isquémicas secundárias.