A fase inicial da neuromielite óptica pode apresentar-se como uma simples neurite óptica ou mielite óptica, ou ambas, ou ambas. O início da neuromielite óptica é rápido e progride rapidamente, com sintomas que frequentemente pioram ou atingem um pico em poucos dias na maioria dos pacientes, com 80-90% dos pacientes a apresentarem um curso recorrente. 60% dos pacientes têm uma recaída no prazo de um ano e 90% no prazo de três anos. O prognóstico da neuromielite óptica é pobre, com cerca de metade dos doentes cegos em pelo menos um olho no prazo de 5 anos ou incapazes de caminhar independentemente e incapacitados para toda a vida. 20% dos doentes morrem de insuficiência respiratória devido a mielite cervical. O início da esclerose múltipla é geralmente suave, e o início inicial não é muitas vezes levado a sério à medida que a doença se repete, agravando-se gradualmente e conduzindo eventualmente a incapacidade permanente. A neuromielite óptica é raramente vista como uma fase progressiva secundária da esclerose múltipla, e a neuromielite óptica coexiste frequentemente com outras doenças auto-imunes, tais como a tireoidite, a síndrome seca e o lúpus eritematoso sistémico. Embora faltem grandes estudos multicêntricos duplo-cegos, as observações clínicas e a experiência sugerem que os agentes imunossupressores devem ser utilizados no tratamento da neuromielite óptica, enquanto os imunomoduladores podem ser utilizados no tratamento da esclerose múltipla.