Os princípios de concepção e as características do instrumento da endoscopia em cápsula indicam que este é mais adequado para o intestino delgado. As doenças do intestino delgado que são adequadas para endoscopia em cápsulas incluem: hemorragia gastrointestinal inexplicável, endoscopia gastrointestinal superior e inferior sem resultados positivos, dor e diarreia abdominal inexplicável, doença inflamatória intestinal (por exemplo, doença de Crohn), tumores do intestino delgado, pólipos, malformações vasculares, anemia por deficiência de ferro inexplicável, desnutrição intestinal e doença de má absorção e imagens anormais do intestino delgado. A endoscopia em cápsulas também pode ser utilizada para compreender a enterite segmentar, para observar o estado das anastomoses cirúrgicas, o desenvolvimento de síndromes de pólipo do intestino delgado e o resultado de certas doenças do intestino delgado. Além disso, a endoscopia em cápsulas também pode ser realizada durante exames físicos normais. O seu significado clínico reside na sua capacidade de detectar doenças subclínicas e melhorar o diagnóstico precoce e o tratamento de doenças do intestino delgado.