A intoxicação alimentar bacteriana pode ser dividida em duas categorias: intoxicação alimentar gastrointestinal e intoxicação alimentar neurotóxica. Em termos de tratamento, a intoxicação alimentar gastrointestinal é tratada principalmente com terapia sintomática activa. Na fase inicial, os pacientes são aconselhados a descansar no leito, e são inicialmente aconselhados a comer uma dieta líquida ou semi-líquida, passando gradualmente para uma dieta normal à medida que a condição melhora gradualmente. Além disso, se o paciente tiver náuseas, vómitos e dores abdominais, pode ser escolhido o tratamento sintomático com escopolamina e atropina. Em caso de vómitos graves, pode ser administrada por via intravenosa uma solução salina equilibrada para manter a estabilidade do ambiente interno do paciente e para corrigir desequilíbrios ácido-base e distúrbios iónicos. Em caso de choque, deve ser administrada uma terapia agressiva anti-choque. Os antibióticos não são geralmente recomendados para o tratamento de bactérias patogénicas, mas se o doente desenvolver hipertermia significativa, os antibióticos devem ser utilizados dependendo do agente patogénico. A intoxicação alimentar neurotóxica, também conhecida como botulismo, é uma condição clínica causada por uma exotoxina produzida pela bactéria Clostridium botulinum. Além do repouso na cama, deve ser administrado tratamento precoce com eméticos, lavagem gástrica e enemas, mais frequentemente com 5% de bicarbonato de sódio ou permanganato de potássio 1:4000. O objectivo é reduzir a reabsorção da toxina botulínica, mas o uso de magnésio deve ser evitado na administração de drogas laxativas. Como a intoxicação alimentar neurológica está frequentemente associada à instabilidade respiratória, a traqueotomia precoce ou intubação traqueal deve ser administrada, dependendo do estado do paciente, para manter as vias respiratórias abertas e manter uma circulação estável, com o objectivo de tratar com soro polivalente antitoxinas o mais rapidamente possível e no prazo de 24 horas. Outros tratamentos incluem tratamento neurotrópico e penicilina, que é utilizada para destruir o Clostridium botulinum no tracto intestinal e reduzir a produção de exotoxinas.