Se o hipotiroidismo subclínico é ou não auto-regenerativo deve ser analisado em relação às diferentes causas. Por exemplo, o hipotiroidismo relacionado com drogas pode sarar espontaneamente 3-4 semanas após a paragem da medicação, enquanto o hipotiroidismo auto-imune tem menos probabilidades de sarar espontaneamente. O hipotiroidismo subclínico pode ser tratado de forma diferente dependendo da condição e nem todos os pacientes precisam de tomar medicação para toda a vida. O tratamento clínico baseia-se frequentemente em indicadores de função tiroideia. Se o indicador TSH estiver entre 4-10 mIU/L, não se recomenda a medicação e o indicador pode ser monitorizado regularmente. Alguns pacientes com hipotiroidismo subclínico podem voltar ao normal ou manter um nível de TSH estável para toda a vida e não afectar a vida do paciente. Se o TSH for superior a 10.0mIU/L, bem como o hipotiroidismo subclínico durante a gravidez, é indicada a terapia de substituição com comprimidos de levothyroxina sódica. A dieta para hipotiroidismo subclínico deve ser uma dieta leve normal com consumo moderado de iodo, mas uma dieta rica em iodo deve ser evitada para evitar o agravamento dos danos da tiróide.