O hipotiroidismo pode ocorrer não só com o tratamento do hipertiroidismo com iodo-131, mas também com outros tratamentos (por exemplo, medicamentos, cirurgia). Mesmo que um número considerável de doentes com hipertiroidismo não seja tratado, pode ocorrer hipotiroidismo no futuro. Alguns estudiosos acreditam que o aparecimento de hipotiroidismo é um sinal de cura para o hipertiroidismo e que não existe um meio eficaz de prevenir a ocorrência de hipotiroidismo. Felizmente, em comparação com o hipertiroidismo, o hipotiroidismo é muito fácil de tratar. Normalmente, é corrigido através da toma de tiroxina. Este tratamento envolve a suplementação artificial de tiroxina, o que resulta num rápido regresso aos níveis normais de hormonas da tiroide no sangue. A dosagem é normalmente ajustada de forma dinâmica, de acordo com os resultados das análises sanguíneas dos níveis de hormona tiroideia e TSH, e alguns doentes precisam de a tomar para o resto da vida, porque a função tiroideia não volta ao normal. Uma dosagem razoável não provoca geralmente efeitos secundários tóxicos.