O defeito septal ventricular, como doença cardíaca congénita, é principalmente uma displasia congénita do coração fetal, e qualquer factor que possa afectar o desenvolvimento do coração fetal pode levar à condição.
Actualmente, os factores genéticos são considerados como uma das principais causas do defeito do septo ventricular. Além disso, infecções virais, medicamentos teratogénicos e exposição a altos níveis de radiação durante a gravidez da mãe também podem afectar o desenvolvimento normal do feto e levar ao desenvolvimento de doenças cardíacas congénitas, tais como o defeito do septo ventricular.