Se a dieta cetogénica for ineficaz para o controlo de convulsões e melhoria cognitiva, a dieta cetogénica deve ser gradualmente reduzida de uma razão 4:1 para 3:1 para 2:1 de gordura/(proteína + hidratos de carbono) em todos os alimentos ingeridos até que a cetose desapareça. Se for eficaz, a dieta cetogénica pode ser mantida durante 2-3 anos. O tratamento deve ser prolongado em doentes com deficiência de portadores de glicose, deficiência de desidrogenase pirúvel, e esclerose tuberosa. Em pacientes com controlo completo das convulsões, 80% permanecem sem convulsões após a descontinuação da dieta cetogénica.
O tratamento também deve ser interrompido se for eficaz, mas ocorrem as seguintes condições: descontinuação imediata na presença de sofrimento gastrointestinal, especialmente em pancreatite aguda; ajustamento imediato da fórmula da dieta cetogénica de 4:1-3:1-2:1 na presença de hipertrigliceridemia com valores >11,3 mmol/L. Se o valor permanecer elevado, a dieta cetogénica deve ser descontinuada; na presença de hipoproteinemia, o fornecimento de proteínas deve ser ajustado, ou seja, aumentar a ingestão de proteínas e diminuir ainda mais a ingestão de hidratos de carbono, enquanto o rácio permanece inalterado; na presença de acidose metabólica persistente, bem como de cardiomiopatia e diminuição da função contrátil miocárdica, a dieta cetogénica deve ser descontinuada.