O hipotiroidismo tem um início insidioso e um longo curso. No início, normalmente não há sintomas ou sinais específicos, e as principais manifestações são a redução da taxa metabólica e a diminuição da excitabilidade simpática. À medida que avança, a deficiência da hormona tiróide pode afectar todos os sistemas do corpo. A própria glândula tiróide: pode ser atrofiada ou aumentada, e alguns doentes com hipotiroidismo primário podem também desenvolver uma glândula pituitária aumentada se não forem tratados rapidamente. Pele: A pele é seca e inchada, com edema mucinoso. A derme é infiltrada com mucopolissacarídeo e o fluido corporal é armazenado. Sistema digestivo: hipometabolismo e ganho de peso. Má percepção gustativa, atrofia da mucosa gástrica e redução da secreção de ácido gástrico. Diminuição da motilidade gastrointestinal e da obstipação. Sistema cardiovascular: contractilidade miocárdica reduzida, débito cardíaco reduzido, tolerância à actividade reduzida. Em casos graves, pode ocorrer insuficiência cardíaca e derrame pericárdico. Sistema respiratório: hipoventilação, apneia do sono. Sistema hematológico: anemia ortocítica e ortopoiética, diminuição da pressão das células sanguíneas. Sistema nervoso: as manifestações incluem indiferença de expressão, reflexos prolongados, letargia e sonolência. Sistema reprodutivo: diminuição da fertilidade e da libido. Perturbações menstruais ou menstruação intensa nas mulheres. Outro sistema endócrino: o hipotiroidismo pituitário pode apresentar-se com hipotiroidismo-proto-adrenal (síndrome de Schmidt). Assim, as manifestações clínicas do hipotiroidismo não são, por um lado, características, com apenas casos graves de edema mucoso, e por outro lado, muito disseminadas, com manifestações em todos os sistemas.