O diagnóstico de encefalite baseia-se principalmente em manifestações clínicas e exames auxiliares. As manifestações clínicas incluem início rápido e doença grave, principalmente com história de gripe, diarreia e herpes da boca e lábios, febre alta, dor de cabeça, vómitos, convulsões e até coma no início, e algumas têm comportamento mental anormal, como balbuciar e atacar outras. Os doentes mais velhos podem apresentar apatia, fala reduzida e expressões enfadonhas. Os testes auxiliares importantes incluem o seguinte: 1. a punção lombar sugere um aumento da pressão do líquido cefalorraquidiano, e os testes laboratoriais do líquido cefalorraquidiano mostram glóbulos vermelhos e glóbulos brancos elevados e proteína elevada. Uma ressonância magnética craniana (RM) ou tomografia computadorizada da cabeça pode indicar amolecimento hemorrágico focal no cérebro, geralmente nos lobos frontal e temporal. 3. Um electroencefalograma (EEG) pode revelar ondas lentas difusas de alta amplitude, com anomalias mais pronunciadas nas regiões temporais e frontais do lado da lesão. 4. As análises ao sangue podem indicar graus variáveis de glóbulos brancos elevados.