A encefalite é geralmente o resultado de uma infecção viral ou bacteriana, com tipos comuns como a BSE e a encefalite tuberculosa. Nas fases iniciais, os pacientes podem ter sintomas semelhantes aos da constipação comum, tais como febre e dor de cabeça, que podem ser acompanhados por vómitos, fraqueza e depressão. Os sintomas típicos precoces de encefalite são febre e dor de cabeça, que podem ocorrer simultânea ou sequencialmente. A temperatura corporal do paciente sobe normalmente rapidamente dentro de 1-2 dias e está frequentemente acima dos 38,5°C, e em casos graves pode estar acima dos 40°C. A dor de cabeça é normalmente uma dor de cabeça total, de natureza enfadonha, que é progressivamente pior. Os doentes podem ter febre e dores de cabeça acompanhadas de vómitos, mal-estar e depressão, e o vómito é geralmente do tipo jacto. Alguns pacientes com encefalite têm antecedentes de infecções, tais como infecções agudas das vias respiratórias superiores e diarreia aguda, e à medida que a doença progride, sintomas tais como febre, dores de cabeça e vómitos aparecem 1-2 semanas mais tarde. A encefalite é mais aguda no início e progride mais rapidamente, desde um desconforto mais suave como a dor de cabeça e a febre até à consciência desfocada e consciência diminuída, o que pode levar apenas alguns dias, e a morte pode mesmo ocorrer em casos graves. Por conseguinte, os pacientes são aconselhados a procurar prontamente aconselhamento médico se tiverem algum destes sintomas para evitar a progressão da doença.