Há muitas causas de encefalite e o período de incubação varia de causa para causa. O período de incubação para a encefalite por herpesvírus I comum é geralmente de 2-21 dias, com uma média de 6 dias. O período de incubação da encefalite do vírus herpes I comum é geralmente de 2-21 dias, com uma média de 6 dias. Os sintomas pródromos incluem infecções das vias respiratórias superiores, tais como sintomas de khat, dor de cabeça, febre e tosse. O início da doença é agudo e a duração varia de alguns dias a 1-2 meses. 25% dos doentes têm um historial de herpes da boca e dos lábios. As manifestações clínicas são sobretudo anomalias mentais e comportamentais e disfunções cognitivas, tais como mudanças de personalidade, preguiça e falta de resposta. Podem ocorrer convulsões em cerca de um terço dos doentes e, à medida que a doença se agrava, podem também estar presentes sonolência, letargia, coma ou tonicidade decorativa. Além do vírus do herpes I, existem outros vírus que podem causar encefalite, como o EBV e o vírus do herpes zoster, bem como algumas bactérias, fungos e Mycobacterium tuberculosis, que têm diferentes períodos e cursos de incubação.