A encefalite nas crianças é uma dor de cabeça muito preocupante para os pais, uma vez que existem diferentes partes do cérebro e diferentes tipos de infecções, pelo que os sintomas e o tratamento são também muito diferentes. A encefalite é principalmente um sintoma inflamatório do parênquima cerebral, e as crianças com encefalite terão manifestações sistémicas tais como febre, vómitos, náuseas, ou fraqueza, que devem ser levadas a sério pelos pais, pois muitos pais que não compreendem a encefalite podem confundi-la com uma constipação comum. Para as encefalites difusas, a criança terá febre alta com coma e convulsões. Para as encefalites com lesões no tronco cerebral, os sintomas variarão, principalmente dormência dos membros, dificuldade de deglutição e paralisia do nervo facial, e até afasia. A segunda forma mais comum de encefalite é o pseudotumor, com sintomas tais como paralisia, afasia e hipertensão intracraniana. Apenas num número muito reduzido de crianças pequenas estão presentes os sintomas de miocardite. Isto pode ser acompanhado de convulsões, confusão e sonolência. Estes são alguns dos sintomas que podem ser encontrados em algumas crianças com encefalite. Quanto mais rapidamente forem detectados, menor será o perigo que terão. Cada criança tem sintomas diferentes, por isso é importante procurar atenção médica precoce para quaisquer anomalias.