A duração da hospitalização por encefalite varia em função da causa, da gravidade da doença, do estado físico do paciente e da presença de complicações, e geralmente a encefalite viral requer 14-21 dias de hospitalização. As causas comuns de encefalite incluem infecções virais, bacterianas, de Mycobacterium tuberculosis, fúngicas e outras infecções patogénicas. Outras causas são doenças alérgicas como a encefalite auto-imune e a encefalomielite aguda disseminada. O principal tratamento é a terapia antiviral e o tratamento sintomático, incluindo repouso no leito, mantendo as vias respiratórias abertas, inalação de oxigénio e expectoração se necessário, fornecendo uma certa quantidade de água, nutrientes e electrólitos, reduzindo o edema cerebral, antiepilepsia e prevenindo complicações. Se o grau de encefalite viral for mais grave e se houver mais complicações, a duração do tratamento será prolongada em conformidade. Se o doente mostrar sinais de coma e insuficiência respiratória, isto indica um mau prognóstico.