A duração da hospitalização por encefalite está relacionada com a causa, a gravidade da doença, o estado físico do paciente e a presença de complicações. Geralmente a encefalite viral requer 14-21 dias de hospitalização. As causas comuns de encefalite incluem infecções virais, bacterianas, de Mycobacterium tuberculosis, fúngicas e outras infecções patogénicas. Outras causas são doenças alérgicas como a encefalite auto-imune e a encefalomielite aguda disseminada. A hospitalização para encefalite é geralmente referida como encefalite viral, e o tratamento é principalmente antiviral e sintomático, incluindo repouso no leito, mantendo as vias respiratórias abertas, administração de oxigénio e expectoração se necessário, mantendo-se quente, fornecendo uma certa quantidade de água, nutrientes e electrólitos, reduzindo o edema cerebral, anti-epilepsia e prevenindo complicações, etc. Normalmente demora 14-21 dias. Se a encefalite for mais grave e tiver mais complicações, o tempo de tratamento será relativamente mais longo. Os doentes com encefalite que apresentam coma e insuficiência respiratória indicam um mau prognóstico. Alguns pacientes podem ficar com sequelas como paralisia muscular, epilepsia, paralisia de membros e retardamento mental.