Se a dor menstrual não ocorre na menarca, mas ocorre nas relações sexuais e no casamento, chama-se dismenorreia secundária, também conhecida como dismenorreia orgânica. Isto refere-se à dismenorreia causada por lesões orgânicas nos órgãos reprodutivos de uma mulher. As condições ginecológicas mais comuns que causam dismenorreia secundária são endometriose, adenomose, fibróides submucosos, aderências cervicais, aderências uterinas, estenose do canal cervical, malformações do tracto genital, colocação de anéis contraceptivos e doença inflamatória pélvica. O tratamento da dismenorreia secundária deve ser preferencialmente dirigido à doença que causa a dismenorreia, que desaparecerá assim que a doença for tratada.