A semelhança entre os pacientes com morte vegetativa e cerebral reside no facto de ambos não responderem ao ambiente externo.
Contudo, a principal diferença entre os dois é que o primeiro ainda mantém alguma função do hipotálamo e do tronco cerebral, tem ciclos de respiração e sono espontâneos e de acordar, e estudos recentes sugerem que um pequeno número de pacientes vegetativos pode mesmo estar consciente, e que estas funções residuais podem permitir-lhes sobreviver por muito tempo com cuidados médicos adequados.
A morte cerebral, por outro lado, é a perda de todas as funções cerebrais, seguida de falência a curto prazo de outros órgãos e de uma eventual paragem cardíaca.