O desvio da esquerda para a direita faz com que o sangue que deveria fornecer todo o corpo seja desviado a meio do septo, reduzindo o fluxo de sangue que fornece todo o corpo. Devido ao mecanismo compensatório do corpo, o coração tem de trabalhar mais rapidamente para se adaptar às necessidades do corpo. Se o defeito septal é grande, o fluxo de shunt é elevado e o fluxo de sangue pulmonar é elevado, isto resulta frequentemente em infecção pulmonar, formação de pneumonia e insuficiência cardíaca, requerendo frequentemente injecções ou hospitalização; em casos menos graves, perde-se a oportunidade de cirurgia porque há demasiado fluxo de sangue pulmonar e choques de sobrecarga ao longo dos anos, resultando em hipertensão pulmonar resistente, conhecida como síndrome de Eisenmenger.