Uma vez diagnosticado, o hipotiroidismo neonatal requer tratamento imediato, e quanto mais cedo o tratamento for iniciado, melhor será o prognóstico. Dependendo da causa da doença, algumas crianças podem precisar de tomar medicação para toda a vida. O hipotiroidismo neonatal, também conhecido como cretinismo, pode levar a sintomas como hérnia umbilical, baixa estatura, atraso mental, retardamento do crescimento e má função fisiológica, e pode causar danos irreversíveis à função neurológica. Portanto, uma vez diagnosticado, o hipotiroidismo neonatal requer uma terapia de reposição imediata da hormona tiroidiana. São necessários testes regulares da função tiroideia para ajustar a dose de medicação e para monitorizar o seu desenvolvimento mental e físico. Após tratamento precoce com terapia de reposição hormonal, os recém-nascidos com hipotiroidismo podem normalmente crescer normalmente sem quaisquer sequelas significativas, mas é importante tomar a medicação tal como prescrita pelo médico e ter revisões regulares.