Primeiro, drogas anticoagulantes, incluindo drogas trombolíticas intravenosas, tais como activador do fibrinogénio humano recombinante, para além da warfarina, que pode ser tomada oralmente durante muito tempo para prevenir tromboses, rivaroxaban e heparina de baixa molecular também podem ser utilizadas para tratar embolias pulmonares; segundo, medicamentos para o tratamento da hipertensão pulmonar, tais como comprimidos de aniracetam, bosentan, iloprost, digoxina, todos eles com um certo efeito na redução da pressão da artéria pulmonar; terceiro, medicamentos que desempenham um papel sintomático. Em terceiro lugar, são principalmente utilizados para tratamento sintomático. A função pulmonar é geralmente fraca após embolia pulmonar, pelo que é possível aplicar medicamentos para melhorar a ventilação pulmonar e as vias respiratórias diastólicas, tais como aminofilina e doxorubicina. Todos os medicamentos acima mencionados podem ser utilizados para o tratamento da embolia pulmonar. Sugere-se que os pacientes que sofram de embolia pulmonar se dirijam a um hospital regular para exame e utilizem medicamentos apropriados para tratamento sob a orientação de médicos.